Per beveik 58 veiklos metus mokykla išugdė daug sportininkų, garsinusių rajoną ne tik šalyje, bet ir atstovavusių Lietuvos rinktinėms Europos bei Pasaulio čempionatuose.

Vilkaviškio rajono sporto mokykla įkurta 1964 m. sausio 1 d. Pirmuoju direktoriumi buvo paskirtas kūno kultūros mokytojas Gediminas Girdauskas. Veikė trys sporto sekcijos ir dirbo trys treneriai. Užsiėmimus lankė apie 100 mokinių. Po penkerių metų plėtėsi mokyklos veikla, kūrėsi nauji skyriai: 1969 metais – krepšinio, 1981 m. – šachmatų, 1988 m. – imtynių,  2001 m. – dviračių sporto, o 2018 m. – buriavimo.

2001 m., po 37 vadovavimo metų, G. Girdauskas direktoriaus pareigas patikėjo savo buvusiam auklėtiniui Algidui Karaliui, kuris sporto mokyklai vadovavo beveik 20 metų, iki 2021 m. gegužės 14 d.

Nuo 2021 m. birželio 1 d. mokyklai vadovauja Jonas Jurkynas.

Per 58 veiklos metus mokykla išugdė daug sportininkų, garsinusių rajoną ne tik šalyje, bet ir atstovavusių Lietuvos rinktinėms Europos bei Pasaulio čempionatuose. Mokykla tapo rajono mokinių sportinio ugdymo centru. Iš pasiektų geriausių rezultatų per visą mokyklos istoriją galima išskirti šachmatininkių Ritos ir Astos Dambravaičių bei A. Jaškūnaitės, lengvaatlečių I. Maknavičiūtės,  R. Gustaitytės,  M. Križioko, dviratininkų I. Janulevičiūtės ir E. Gudiškio, stalo tenisininko K. Žeimio, imtynininkų Lauryno ir Martyno Damidavičių bei kitų auklėtinių, pasiekusių meistriškus rezultatus ir gynusių Lietuvos garbę tartautinėse varžybose